Un saludo

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Agu, gracias por acordarte de mi siempre que ves un enlace en el que aprecen las palabras imagen, medicina y DICOM ;

Un saludo
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• Qué tipos de archivos DICOM va a decodificar TutaiX.
• Cómo se diseñará el decodificador de forma que sea escalable.
• Qué información es la que se necesita para poder desarrollar un decodificador.

Hablamos de un decodificador escalable, el motivo es que el estándar DICOM evoluciona con el paso del tiempo y ello se hace notar en su estructura. Hace tiempo llegó a mis manos un archivo DICOM que no podía ser leído por ningún visor que conocía y el motivo era que se empezaban a crear archivos DICOM donde cada uno contenía la información equivalente a toda una serie [1], es decir, lo que hasta hace tiempo se almacenaba en varios archivos donde cada uno contenía una o varias imágenes ahora se guarda en un solo archivo, de manera que concatena la información correspondiente a los archivos que componen la serie.
Ahora mismo, no tenemos muy clara la estructura de este tipo de archivos, pero tras el análisis esperamos poder enseñaros todos los entresijos. Está previsto terminar el análisis de la estructura DICOM para finales de la semana que viene. Hasta entonces postearemos los avances que vayamos teniendo.

[1]serie: Representa a un conjunto de imágenes de una misma modalidad dentro de un estudio de un paciente.

Un saludo
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Comparaciones entre éstos dos paquetes gráficos hay tantas que realizar una más no tiene demasiado sentido, en lugar de eso, veremos los resultados de algunas comparativas y podréis ayudarnos a decidir a través de una encuesta (solo tres preguntas, tampoco es tanto ).

En cuanto a aspecto visual, wxPython se adapta mejor a la apariencia nativa del sistema de ventanas donde se ejecute, mientras que TkInter mantiene un aspecto diferente, por ejemplo en el dibujado de fuentes (como en amsn).

Sobre la facilidad de instalación, en linux no hay problema con ninguno de los dos, TkInter viene con la distribución de cPython, pero ambos están en los repositorios y con apt (yum, urpmi, etc…) están listos para trabajar en un minuto, aunque parece que el paquete debian de wx tiene poca actividad por parte de su mantenedor y van un par de versiones por detrás, de todas maneras se puede solucionar fácilmente usando sus propios repositorios. Para Mac y windows tampoco dan demasiados problemas.

En lo que toca a facilidad de uso y aprendizaje, ambos tienen gran cantidad de material disponible y comunidades activas dispuestas a ayudar, sin embargo, parece ser que la curva de aprendizaje de TkInter es mas relajada.

Resumiendo, la mayoría llegan a la conclusión de que TkInter, el mas usado para interfaces en python, es mas sencillo de aprender, pero cada vez se hacen menos cosas nuevas y está perdiendo la categoría de estándar en favor de wxPython, con mas widgets, de mas alto nivel y con mas herramientas relacionadas.

En la forja del proyecto, tenéis una encuesta en la que podéis ayudarnos a decidir votando que puntuación le dais a cada librería.

Gracias

Antes de ponernos a hablar sobre el desarrollo de TuatiX queriamos asegurar que la comunidad de usuarios comprendiera en qué consiste el formato DICOM y la importancia que tiene para TutatiX. Por ello, hemos decidido intentar redactar este post a modo de resumen. Y decimos intentar porque nos resulta tremendamente complicado resumirlo en pocas líneas sin aburrir al personal

Como ya se anticipa en el título del post, DICOM es una acronimia de Digital Image and Comunication in Medicine (imagen digital y comunicación en medicina).

¿Cuándo surge?, ¿por qué lo hace?, ¿quién se preocupó en hacerlo?…

En los años 70 el Colegio Americano de Radiología (ACR American Asociation of Radiology) y la Asociación Nacional de Fabricantes de Material Eléctrico (NEMA) motivados por la introducción de la tomografía computerizada y el uso de nuevas modalidades de diagnóstico digital crearon un método estándar de transferencia de imágenes e información asociada entre los distintos dispositivos del mercado, ya que cada vendedor disponía de su propio tipo de imágenes.
En el año 1983 la ACR y la NEMA formaron un comité conjunto en el que se desarrollaría un estándar en el que se promovería el intercambio de información sobre imágenes digitales entre los distintos fabricantes y con el que se facilitara el desarrollo y expansión de los archivos de imágenes y sus sistemas de comunicación. Habría que esperar hasta el año 1985 para la publicación de la versión 1.0 del estándar ARC-NEMA . En el año 1988 se publicó la versión 2.0 del estándar ARC-NEMA que incluía a la versión 1.0 y sus revisiones así como comandos para mostrar dispositivos, para introducir nuevos esquemas de jerarquía de tipos de imágenes y para añadir información, consiguiendo de esta forma una descripción más específica de la imagen.
Tras la definición del estándar ARC-NEMA versión 2.0 se empieza a hablar del estándar DICOM. Este aportaba mejoras a la versión 2.0 del estándar ARC-NEMA. Alguna de las mejoras fueron, a saber:

• Podría ser aplicado en un entorno de red basadas en TCP/IP mientras que el estándar ARC-NEMA era aplicable en conexiones punto-a-punto y para poder aplicarla en un entorno de red había que implantar una interfaz de red, NUI (Network Interface Unit).
• DICOM presentaba una estructura modular que facilitando así la evolución del estándar y la incorporación de nuevas características.

¿Qué contiene un archivo DICOM?…

Un archivo DICOM contiene por un lado la información de una o varias imágenes y por otro la información del contexto en el que se ha tomado la imagen. En el contexto de una imagen DICOM podemos encontrarnos con datos del paciente (nombre, apellidos, edad,…), del doctor que manda la prueba, del centro médico donde se realiza la prueba, de la prueba médica a la que corresponde la imagen, de la máquina que ha realizado la toma (parámetros de configuración de la máquina como por ejemplo la posición del paciente en cada toma), de las imágenes tomadas(número de tomas realizadas, separación entre cada imagen, dimensión de las imágenes,… ).

DICOM une la información visual con la información recogida en la prueba médica. Desde nuestro punto de vista (proyecto TutatiX), esta fusión es una de las mayores ventajas que posee el formato porque puede ser usada para mostrar y ubicar en pantalla información que de otra forma no sería posible. Por ejemplo, de la información almacenada en la toma de imágenes se puede obtener la densidad de un hueso en cada píxel de una imagen y medir la distancia real entre órganos, huesos o tumores. Otro ejemplo podría ser la reconstrucción 3D a partir de la información obtenida en la toma de las imágenes de forma que a partir de ella se hiciera una endoscopia.

¿Cómo es la estructura DICOM?…

DICOM tiene una estructura organizada por etiquetas (tags) donde cada una representa un dato dististinto. Un tag está formado por dos identificadores, el grupo y el elemento. El identificador de grupo nos indica a qué grupo pertenece el dato y el identificador de elemento qué elemento dentro del grupo es al que representa. Un ejemplo de tag sería : (0028, 0010), donde 0028 es el grupo, que en este caso se corresponde con el grupo de datos relacionados con las características de la imagen, y 0010 es el elemento, que para este grupo se corresponde con ‘Rows’, que nos indica el número de filas que contiene la imagen.

Cada dato que compone un archivo es almacenado en una estructura llamada Data Set (conjunto de datos) donde cada dato almacenado está definido por el tag, el tipo de dato y la longitud del dato. El conjunto formado por el tag, el tipo de dato, la longitud y el dato en si es llamado Data Element.

Dependiendo del tipo de archivo DICOM y del dato almacenado la estructura del Data Element podrá variar.

¿Para qué se usa DICOM?…

En pocas palabras podriamos decir que DICOM se usa para almacenar información médica (imagen y contexto de la toma) pero mentiriamos si la cosa se quedara ahí. DICOM está pensado para poder trabajar en red, facilitando la comunicación entre dispositivos. Aprovechando esto, los estudios (llamaremos estudio a un conjunto de imágenes que forman una prueba médica) podrán ser centralizados en PACS (estación de trabajo). Con la centralización de los estudios se facilita la disponibilidad de los estudios y lo que es más importante, se hace posible la teleasistencia!!.

Bueno, después de la parrafada uno se puede preguntar ¿qué relación tiene DICOM con TutatiX?. La respuesta es que TuatiX tiene como uno de sus objetivos principales el decodificar cualquier tipo de archivo DICOM y mostrar la mayor cantidad posible de información extraida y para ello es necesario conocer en profundidad la estructura interna DICOM.

Si quereis ver algunos ejemplos de lo que se puede hacer a partir de un estudio DICOM podeis mirar en la web del visor Osirix de Apple.

Para terminar solo deciros que si teneis alguna duda o corrección os agradeceriamos que la comentarais.

Documentación leida para la realización del post:

• Estándar publicado en la web oficial del órgano regulador de DICOM
• Wikipedia

Un saludo

Félix del Rio Benigno

Francisco J. Seva M.

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En este post queriamos presentar nuestro proyecto, TutatiX, que en pocas palabras se puede definir como una propuesta a un visor de imágenes médicas en formato DICOM, pensado para que sirva como herramienta de trabajo a médicos radiólogos y a su vez sirva como aplicación de aprendizaje para que desarrolladores interesados en la imagen médica puedan aprender los entresijos que hay en el desarrollo en una aplicación de este tipo.

TutatiX surge como proyecto tras ver la importancia que tienen las aplicaciones médicas a la hora de prevenir enfermedades. La Real Academia de la lengua Española define medicina como “Ciencia y arte de precaver (prevenir) y curar las enfermedades del cuerpo humano” y es en la prevención de enfermedades la parte en la que esta aplicación se quiere centrar.

Actualmente hay varios programas que ayudan en la prevención de enfermedades y muchos de ellos son open source pero ninguno de ellos ofrece la documentación necesaria para que un usuario desarrolle sobre una aplicación ya existente o que desarrolle su propia aplicación.

Con el desarrollo de TutatiX se pretenden alcanzar dos objetivos, el primero es el aportar a la comunidad toda la documentación necesaria para poder participar en el desarrollo de una aplicación médica. El segundo de los objetivos es conseguir una aplicación que pueda ser aprovechada por todos, estudiante, desarrolladores médicos.

Pués con lo dicho empezamos (Félix del Rio y Francisco J. Seva ) con el desarrollo de TutatiX. El primero de los pasos será organizar el proyecto en la forja y después empezaremos con el análisis de requisitos.

Saludos
Félix del Rio B.
Francisco J. Seva
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